十六、十七世紀大航海時代，東亞已為歐洲強權所覬覦，紛紛經由海洋前來東亞貿易。荷蘭在十七世紀初期兩次侵入澎湖，都被明朝派兵驅離。1624年荷蘭轉進台灣。荷蘭東印度公司統治台灣38年（1624-1662），是第一個有系統統治台灣部分地區的政權。對於台灣原住民，荷蘭人以征討、安撫、教化手段交相運用，並將台灣分為四大地方會議區，每年定期召集各社領袖，宣達政令，但真正有效統治的地區僅限南部。傳教是荷蘭人教化原住民的重要手段，1627年開始在新港社（今台南新市）設立學校，教授聖經等課程。傳教士以羅馬字拼寫當地原住民語言，這種文字稱作「新港文」，直到十九世紀初還被原住民使用。

　　1644年，清軍由明朝將領吳三桂引領入關，打敗流寇李自成的軍隊，清朝從此取代明朝成為實質統治者。明朝遺臣鄭成功以反清復明為號召，領軍和清朝對抗，期間曾一度以大軍包圍金陵，但功敗垂成。失敗後，鄭成功軍隊元氣大傷，且面臨軍糧不足的問題。為了解決大軍的後勤給養，鄭成功決定前往台灣。1661年鄭成功親率將士二萬五千、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，經澎湖向台灣進軍。經過攻打圍城，將近一年，荷蘭大員長官揆一修書予鄭成功，表示同意「和談」。幾經談判，荷蘭向鄭成功屈服，退出台灣。鄭成功建立台灣第一個漢人政權，史稱鄭氏時期（1661－1683年）。為了解決軍糧不足問題，鄭氏軍隊分赴各地耕作，從而壓縮了原住民的生活空間，引發原住民的反抗，其中1670年大肚番王部眾之一的沙轆社，在鄭氏軍隊鎮壓下，幾乎滅族。1681年鄭經過世後，發生政爭，導致人心不安，清朝趁機攻台，結束鄭氏政權。

　　1683年，清朝政府派鄭成功前部下施琅率領清軍，終於擊潰了鄭克塽，鄭克塽向施琅投降，薙髮易服。鄭克塽降清後，康熙皇帝對留台棄台仍然未決，朝中官員對於台灣是否收入版圖，分成兩派。主張棄台的官員認為台灣遠在海外，人口稀少，防守不易，不如放棄台灣，只保留澎湖，做為東南諸省的軍事屏障，把台灣島上的移民全部遷回大陸； 贊成留台官員以征台功臣施琅的意見最為有力，認為台灣土地肥沃，從戰略的角度來看，可以擔負起防衛東南各省的戰略位置，即使需耗用國家經費，也應保住台灣。1684年，康熙皇帝思考兩派意見後，接受施琅等贊成派官員意見，決定將台灣納入版圖。
清朝雖將台灣納入版圖並派官治理，但態度消極，對移民台灣者多有限制，又將原住民分為「生番」（指僻處深山，未歸順者）、「熟番」（指服從政令，繳稅服役者），並以「土牛紅線」為界，採取漢番隔離政策。一直到同治年間牡丹社事件後，在沈葆楨奏請下，清廷態度才轉趨積極，鼓勵漢人來台，推行新政，同時開山撫番，增設廳縣，其中恆春縣、埔里社廳、卑南廳很明顯地即為撫番政策下的措施。光緒年間清法戰爭後，清廷更將台灣升格為省，指派劉銘傳為台灣首任巡撫。劉銘傳繼續強化台灣的各項建設，對原住民則採取「恩威並施」的策略，一方面在台北開設番學堂，另方面在大嵙坎（今桃園大溪）設全台撫墾總局，處理開墾與原住民事務。

　　日本自1895年取得台灣之後，為有效殖民統治，對台灣進行多項調查，並實施各種基礎建設，使台灣的現代化程度更具規模，但特殊的「總督府體制」，也讓多數的台灣人蒙受差別待遇的陰影。對於強悍的台灣原住民，日本原採安撫政策，至第五任台灣總督佐久間左馬太上任（1906-1915）後，因為對山區資源的迫切需求，展開「理蕃」事業，不斷出兵山區，再以宗教、教育手段安撫原住民。但日本對山林資源的開發，使得原住民獵場大為縮減，甚或侵犯其祖靈聖地；日本警察的威權超越其部落的領袖；日本人徵調原住民超時的工作、超低的工資，在在引發原住民的不滿，終於在1930年爆發霧社事件，台灣總督府強力鎮壓，出動飛機、大砲，甚至使用毒氣，歷時兩個月，不願投降的原住民退往山中，集體自殺，倖存者被遷居川中島（今南投仁愛清泉部落），此事件導致當時的台灣總督石塚英藏下台。